Autochthones Saatgut bietet für die Erhaltung der Biodiversität zahlreiche Vorteile gegenüber Vermehrungssaatgut. So ist die genetische Vielfalt deutlich grösser als beim Vermehrungssaatgut, und Inzuchteffekte, die durch die Vermehrung entstehen, können vermieden werden. Vor allem aber trägt die Verwendung von autochthonem Saatgut dazu bei, die regionale genetische Vielfalt der Arten und Ökotypen zu erhalten und damit eine Florenverfälschung zu verhindern. Florenverfälschung durch die Einführung fremder Arten und Ökotypen kann gravierende negative Auswirkungen auf die lokale Biodiversität haben, weil sich die eingeführten Pflanzen auf Kosten der lokalen Flora ausbreiten und/oder mit den lokal vorkommenden Ökotypen und Arten einkreuzen können.
Ein weiterer Vorteil von autochthonem Saatgut ist die langfristige Stabilität der angesäten Vegetation. Denn die lokal vorkommenden Arten und genetischen Ökotypen passen genau zum Ansaatstandort und seinem Lokalklima, was bei Standardsaatgut oft kaum der Fall ist.